Los motores de puertas y maletero llevan vuelta de estado a la centralita, es como un final de carrera, que le dice a la centralita si ha llegado a su posición de cerrado o de abierto.
Lo más probable es que uno o varios de ellos no estén llegando a ese final de recorrido y no devuelven ese "ok he llegado a la posición de cerrado o de abierto" y por tanto la centralita lo vuelve a intentar hasta que tras varios intentos desiste, pero eso debería generar un fallo que deberías poder ver en el cuadro.
Los motivos pueden ser varios, desde un agarrotamiento por desgaste o falta de lubricacion de los elementos mecánicos que arrastra cada motor. Pasando por un voltaje inadecuado que no llega a poder desplazar el o los motores en cuestión, y lo más habitual un desgaste de algún motor que no realiza su recorrido de manera total y por tanto no devuelve ese ok. Era habitual en un modelo de motores del grupo vag que utilizaban en skoda sobre todo, es más habían tutoriales de como repararlo y volverlo a montar, aunque a veces resulta más barato sustituirlo por uno nuevo.... Eso sí lleva algo de curro, hay que destapizar puerta y demás.... En otras ocasiones era la propia centralita que en una de sus salidas no enviaba la tensión correcta y hacia que ese motor no accionase de manera correcta.
Prueba a cerrar y abrir tu varias veces y varios días a ver si te da el fallo en alguna ocasión...
Un saludo